本県の農業後継者育成機関は、従前、農業の実践教育を行う「高等営農学園」、「草地高等畜産研修所」と各方面の農業技術員の養成を主眼（一部後継者育成）として、各試験場に併設された「講習所」でした。

　その後、農業技術や施設の高度化、経営の近代化が進む中で、地域農業の振興に貢献することのできる優れた農業後継者を育成するため、昭和５２年４月に「農業大学校設置基本方針」が定められ、同年１２月に「旧熊本県立農業大学校条例」の施行に伴い、大学校が発足し、昭和５３年４月県立農業大学校が開校されました。

　なお、本校は、農業改良助長法第７条第１項第５号の規定に基づく「農業者研修教育施設」ですが、昭和５８年４月１日付けで新たに「熊本県立農業大学校条例」を制定し、人事院規則９の８に基づく「短大２卒に準ずる扱い」を受ける大学校（新農大）となりました。

　さらに、平成１８年６月１日付けで学校教育法に基づく専修学校としても位置付けられ、平成１９年３月卒業生から専門士の称号が与えられました。